Por fin en 1843, después de tantas persecuciones pudo reorganizarse la Masonería española llegando a existir más de 300 logias. En 1846 el infante don Francisco tuvo que expatriarse para librarse de las persecuciones de que lo hacían objeto el general Narváez y la reacción clerical. A partir de 1856 fue de nuevo perseguida la Masonería española que se vio obligada a actuar clandestinamente. Ni el Supremo Consejo, ni el Gran Oriente podían desarrollar sus trabajos y las islas Filipinas se llenaron de masones desterrados por Narváez.
La revolución de 1868 que destronó a la reina Isabel II, permitió a la Masonería Española y al Supremo Consejo, presidido por el M.·.P.·.H.·. Carlos Celestino Mañan y Clark, reanudar sus actividades. En los cuerpos filosóficos figuraban HH.·. tan prominentes como los generales: Serrano, Prim, Duque de la Torre, Conde de Reus; y los políticos Manuel Becerra, Praxedes Mateo Sagasta, Nicolás María Rivero y Juan Moreno que fueron varias veces diputados y aun ministros.
En el mes de octubre de 1868, el Supremo Consejo presentó al Gobierno provisional un programa legislativo de inspiración masónica, formado por catorce proposiciones, que entre otras reformas incluía las siguientes: libertad de cultos, supresión de las órdenes religiosas, secularización de los cementerios, sujeción del clero al servicio militar, matrimonio civil, etc. El programa mereció ser atendido por el Gobierno.
Poco antes de la monarquía saboyana y aprovechando la ausencia temporal del Soberano Gran Comendador Mañan, varios miembros del Supremo Consejo eligieron como Soberano Gran Comendador al H.·. Manuel Ruiz Zorrilla. La escisión producida dentro del Supremo Consejo como consecuencia de estos hechos, originó gran confusión en la masonería española. Para remediarla se apeló al alto espíritu masónico de los HH.·. Mañan y Zorrilla quienes respondieron en términos fraternales al requerimiento. El H.·. Ruiz Zorrilla en septiembre de 1873 renuncio a todos sus cargos masónicos.
Le sucedió el H.·. Carvajal quien cedió inmediatamente el cargo al H.·. Mañan, que había renunciado a sus cargos al mismo tiempo que Ruiz Zorilla tratando de buscar la conciliación masónica. Se celebraron elecciones el 18 de septiembre de 1873 resultando elegido como Soberano Gran Comendador el H.·. José de Carvajal, distinguido abogado y ministro de la República Española.