A principios de 1811, el Marqués de Clermont-Tonnerre, como miembro del Supremo Consejo de Francia, formó en España cuerpos filosóficos que trabajaron hasta el grado XXXII del Rito Escocés. El 4 de julio de 1811, con patentes expedidas al efecto por el Supremo Consejo de Charleston, del que había sido fundador, el Conde de Grasse-Tilly constituyó regularmente el Supremo Consejo del Grado 33 para España y sus dependencias, siendo nombrado el I.·.P.·.H.·. Miguel José de Azanza Soberano Gran Comendador.
Los miembros del Supremo Consejo durante la primera reacción absolutista de Fernando VII no interrumpieron los trabajos masónicos en España, reuniéndose clandestinamente y poniendo su empeño en la reconquista de las libertades.
La rebelión militar que se inicio en Cabezas de San Juan obligó a Fernando VII a restablecer la Constitución de 1812.Con tal motivo la Masonería entró en una era de tranquilidad que favoreció su libre desenvolvimiento. El Soberano Gran Comendador Agustín Argüelles, que también desempeñaba la Gran Maestría del Gran Oriente de España, abdicó del cargo y fue sustituido por el I.·.P.·.H.·.Antonio Pérez de Tudela.
Tras la invasión de España por los ejércitos franceses en virtud de los acuerdos de la Santa Alianza, sobrevino una nueva reacción absolutista en 1823, teniendo que refugiarse el Soberano Gran Comendador y algunos otros miembros del Supremo Consejo en Inglaterra, donde hallaron la generosa hospitalidad de la Masonería inglesa. La represión de Fernando VII alcanzó terribles caracteres pues la Real Célula dictada en Sacedón en 1824 consideraba como delito de lesa majestad ser masón. La real orden de 9 de octubre de 1824 condenó a pena de muerte a todo el que fuese reconocido como masón o comunero. Entre las víctimas de la cruel represión que se contaron por millares perecieron los generales Juan Martín, el Empecinado, Torrijos, y Lacy.
A finales de 1829 cesaron algo las persecuciones y el Soberano Gran Comendador, el infante D. Francisco de Paula de Borbón, reagrupó sus logias de perfección y capítulos. En 1833, tras la muerte de Fernando VII, la reina doña María Cristina empezó a actuar como reina gobernadora, pudiendo regresar a España muchos de los miembros del Supremo Consejo.